W ramach kosztów bezpośrednich kwalifikowalne jest wynagrodzenie personelu zaangażowanego w realizację poszczególnych zadań projektowych, natomiast do katalogu kosztów pośrednich zalicza się wynagrodzenie personelu zarządzającego i obsługowego.

W przypadku okresowego zwiększenia obowiązków służbowych danej osoby, wydatkami kwalifikowalnymi związanymi z wynagrodzeniem personelu mogą być dodatki do wynagrodzeń, o ile zostały przyznane zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa pracy, przy czym dodatek może być przyznany zarówno jako wyłączne wynagrodzenie za pracę w projekcie albo jako uzupełnienie wynagrodzenia personelu projektu rozliczanego w ramach projektu.

Dodatek może być kwalifikowalny, o ile spełnione zostaną łącznie następujące warunki:

a) możliwość przyznania dodatku wynika bezpośrednio z prawa pracy,

b) dodatek został przewidziany w regulaminie pracy lub regulaminie wynagradzania danej instytucji lub też innych właściwych przepisach prawa pracy,

c) dodatek został wprowadzony w danej instytucji co najmniej 6 miesięcy przed złożeniem wniosku o dofinansowanie, przy czym nie dotyczy to przypadku, gdy możliwość przyznania dodatku wynika z aktów prawa powszechnie obowiązującego,

d) dodatek potencjalnie obejmuje wszystkich pracowników danej instytucji, a zasady jego przyznawania są takie same w przypadku personelu zaangażowanego do realizacji projektów oraz pozostałych pracowników beneficjenta,

e) dodatek jest kwalifikowalny wyłącznie w okresie zaangażowania danej osoby do projektu,

f) wysokość dodatku uzależniona jest od zakresu dodatkowych obowiązków, przy czym w przypadku wykonywania zadań w kilku projektach u tego samego beneficjenta personelowi projektu przyznawany jest wyłącznie jeden dodatek rozliczany proporcjonalnie do zaangażowania pracownika w dany projekt.

Dodatki takie są kwalifikowalne do wysokości 40% wynagrodzenia podstawowego wraz ze składnikami z zastrzeżeniem, że przekroczenie tego limitu może wynikać wyłącznie z aktów prawa powszechnie obowiązującego.

W przypadku dodatków do wynagrodzenia dla pracownika socjalnego, ich przyporządkowanie do poszczególnych kosztów zależy od zakresu czynności, którego dodatek do wynagrodzeń dotyczy. Jeśli dodatek przyznany zostanie za działania merytoryczne, np. realizację pracy socjalnej na rzecz uczestników projektu, to koszty tego dodatku należy ująć w kosztach bezpośrednich. Sposób zatrudnienia personelu w kosztach pośrednich leży w gestii Beneficjenta. Dokumenty księgowe dotyczące kosztów pośrednich rozliczanych ryczałtem nie podlegają wymogom ewidencyjnym dotyczącym projektu. Brak wymogu ewidencjonowania w projekcie kosztów pośrednich rozliczanych ryczałtem oznacza, że wydatki z nimi związane wykazane we wniosku o płatność nie podlegają kontroli ze strony IP.