W przypadku projektów składających się z kilku podprojektów, mogących stanowić samodzielny typ projektu w ramach Działania 6.4 Gospodarka wodno-ściekowa, które da się opisać wskaźnikami, np. projekt dotyczy budowy sieci kanalizacyjnej i wodociągowej należy przy wyliczaniu wskaźnika efektywności kosztowej wziąć pod uwagę koszty związane z poszczególnymi sieciami (podprojektami) oraz proporcjonalnie do wielkości zadania koszty związane z przygotowaniem dokumentacji. Po zsumowaniu kosztów dotyczących poszczególnych sieci wyliczyć wartość dofinansowania dla tej sieci, a następnie wyliczyć koszt jednostkowy danego wskaźnika.

Analogicznie należy postąpić z innymi wskaźnikami, dla których w związku z realizowanym zakresem rzeczowym występuje konieczność wyliczenia kosztu jednostkowego.